Habitada en tiempos precolombinos, la localidad San Cristobal en la totalidad de su territorio fue rural, concentrándose su poblamiento actual por el valle del río Fucha a manera de haciendas mientras que la urbanización provenía de la erección de barrios provenientes de la actual localidad de Santa Fe en dirección al sur, que se acrecentaría posteriormente en el siglo XX.

Los actuales pobladores descienden de inmigrantes provenientes de otras regiones del país en busca de oportunidades económicas y de los conflictos que un padece el territorio colombiano. En 1991 con la elevación de Distrito Especial a Distrito Capital en Bogotá por la constitución de 1991, el territorio de San Cristobal se convirtió en localidad.